виртуальные хосты в апаче для *.company.com и затем отдельного для www.company.com

Решение в Вашем ответе:

<VirtualHost *:80>
    ServerName www.company.com
    ServerAlias company.com
    DocumentRoot /path1
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
    ServerName *.company.com
    DocumentRoot /path2
</VirtualHost>

Вежливое использование подстановочных знаков "ловит все" домены:

<VirtualHost *:80>
    ServerName subdomain1.company.com
    DocumentRoot /path/to/subdomain1
</VirtualHost>

<VirtualHost *:80>
    ServerName subdomain2.company.com
    DocumentRoot /path/to/subdomain2
</VirtualHost>

<VirtualHost *:80>
    ServerName  company.com
    ServerAlias *.company.com
    DocumentRoot /path/to/primary/domain+catchall
</VirtualHost>

Обратите внимание, что порядок значим, всеобъемлющий домен должен быть последним. Это особенно полезно, чтобы избежать, чтобы ввод с опечатками в клиентском URL повысил "несуществующий хост" ошибка, позволив клиенту Вашей компании думать, что Вы - плохой администратор сервера (не его плохое печатающее устройство :P).