настройте nginx для использования дополнительного .htpasswd

Среднее число загрузки 18 ясно указывает на проблему, но вопрос, почему это настолько высоко?

У меня была очень похожая проблема некоторое время назад, и это оказалось проблемой с дисковым контроллером. Очень медленный доступ к диску вызывал систему к узкому месту при ожидании диска IO (который обнаружился как очень высокие средние числа загрузки и времена ожидания, но также и процессы причины, ожидающие диска для потребления большего количества ЦП, чем они будут иначе. Оказалось, что ядро не распознавало контроллер правильно и отступало на старую школу контроллер IDE вместо быстрого sata один.

Фиксация должна была загрузиться с

hda=noprobe hda=none 

в конце ядра представляют в виде строки в/etc/grub.conf.

Если проблемой не является диск IO, то необходимо будет провести некоторое время, диагностируя, каково это. От вывода Вы имеете до сих пор, похоже, что у Вас есть много RAM, но ЦП используется процессами mysql и httpd. Ваш сервер законно занят? Сколько соединений, входящих, является сервером? (Можно получить эту информацию с netstat -an |grep ESTABLISHED и если это - слишком многие для подсчета, можно сделать netstat -an |grep ESTABLISHED |wc -l считать строки.) Можно также использовать инструмент как iostat смотреть на дисковую io статистику (от sysstat пакета: yum install sysstat устанавливать его).