Зависит, что Вы хотите сделать. Apache (по умолчанию) не полагается на CGI/FASTCGI для выполнения PHP, Perl или безотносительно кода, который Вы хотите. Это интегрирует выполнение серверного кода в его собственных процессах. Это, вероятно, проще, но также и более тяжело.
Так, если Вы подвергаете сомнению: существует ли альтернатива FASTCGI для выполнения серверного кода за пределами процесса веб-сервера? Затем я полагаю, что ответ не, если Вы кодируете в PHP, Perl или C.
Не видя полную конфигурацию apache, это трудно диагностировать, но кое-что нужно посмотреть
find / var / log / apache2 -samefile /var/log/apache2/access.log
перечислит их оба, если это правда. Рассмотрите возможность того, что это ошибка.