CLI WinZip должен смочь сделать то, в чем Вы нуждаетесь. Я использую его в запланированном пакетном файле к резервным копиям базы данных на молнии.
Я не уверен, почему пользователь cd ~ не работал, но теперь это происходит после выключения сервера и его повторного запуска (это экземпляр EC2, поэтому я остановил его, пока не нуждался в этом), предлагая перезапустить процесс или что-то в этом роде.
Что касается того, почему apache2 не поддерживает ~ user, у меня не было "sudo a2enmod userdir". Как только это было сделано, все заработало.