апач испытывает таймаут с низким CPU и использованием памяти

Если ЦП и память в порядке, вы можете попробовать изменить значение ServerLimit и MaxClients на большее число и повторить тест. В записи htop я вижу «446 задач», поэтому кажется, что количество процессов httpd достигает этих пределов.

Но это всего лишь обходной путь, таймауты снова появятся после большего количества запросов в тесте. Что вам нужно искать, так это почему запрос httpd занимает около 6 секунд, возможно, что-то в коде не работает нормально.

Как вы говорите на простом сайте wordpress, тесты проходят нормально, поэтому вам нужно проверить приложение (¿php?, ¿Python?), Которое вы тестируете. В базе данных проверьте, есть ли медленные запросы (mytop или mtop - хорошие инструменты) при выполнении тестов.