tcp_keepalive иждивенец приложения на Linux?

Так как Ваши проекты не находятся на самом деле в том же корне, необходимо использовать несколько местоположений для этого.

location /wiki {
    root /var/www/wiki/public;
}

location ~ /wiki/.+\.php$ {
    fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;
    fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME /var/www/wiki/public$fastcgi_script_name;
}

location /blog {
    root /var/www/blog/public;
}

location ~ /blog/.+\.php$ {
    fastcgi_pass   127.0.0.1:9000;
    fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME /var/www/blog/public$fastcgi_script_name;
}

Кроме того, помещенные fastcgi_index в Вашем fastcgi_params файле и включают его в уровень сервера, тот способ, которым Вы сохраняете свои php местоположения как можно меньше.