Вход в систему Microsoft SQL 2008 R2 перестал работать для пользователя 'sa' использующий aspnet_regsql

На основе Ваших тегов вот некоторый основной совет:

ОС (Linux)

• Примените обновления/патчи безопасности включая Ядро
• Инструмент Checksum для обнаружения файла/разрешения изменяется как помощник, fcheck, растяжка и т.д.
• Только включите сетевые службы, которые Вы на самом деле используете (свериться netstat -tulpen)
• Нормальное пользовательское определение: у кого есть корневой доступ?
• SSH: отключите прямые корневые логины
• Трудно - или программный брандмауэр

PHP

• Используйте укрепленный PHP (Suhosin)
• Google сеть для лучших практик безопасности в PHP

MySQL

• Eiter позволяют ему работать с сокетами Unix или через TCP, но только на localhost/your LAN
• Определите пароль root
• Определите ограниченных пользователей для каждого различного приложения

Это - просто чистые основы, записанные за 2 минуты. Существует намного больше.