Вы не можете легко препятствовать тому, чтобы пользователь выполнил свою собственную версию программы, но если Вы предполагаете, что пользователь не является злонамеренным, это легко:
Можно или использовать псевдоним, чтобы заставить пользователей использовать обертку, или можно просто переместиться/переименовать исходную программу и поместить обертку в исходное местоположение.
Если Вы только хотите зарегистрироваться, часть выполнения использует regexp в сценарии обертки.
Вы можете установить глобальный .gitignore, используя следующую команду конфигурации:
git config --global core.excludesfile /path/to/.gitignore_global
Обратите внимание, что имя файла может быть любым, как вы хотите, в примере, который я использовал .gitignore_global