Прокомментированные строки добавляют новые опции и каталоги к существующим значениям тех переменных. Непрокомментированные строки перезаписывают предыдущие значения тех переменных.
Мне кажется странным настройка вашей инфраструктуры ....
a. Какой сервер приложений Java запускает это конкретное приложение?
b. Почему бы не использовать Websphere и для этого финансового приложения?
Пока вы на правильном пути в отношении того, что вам нужно сделать (сценарий bash для запуска сервера остановки на сервере WAS, и любая команда для остановки любого сервера приложений Java, который запускает финансовое приложение), я настоятельно рекомендую перестроить вашу инфраструктуру для запуска только одного типа сервера приложений Java, будь то Websphere или нет; На мой взгляд, ваша установка необязательно сложна.