Ограничения длины пути являются неприятностью. К счастью, Вы не единственный, кто думал об этом. Существует ряд сообщений в блоге о длинных трактах в.NET, которая может дать Вам некоторый фон на состоянии поддержки длинного тракта в.NET. Существует наименьшее количество одной библиотеки, которая добавляет поддержку длинного тракта, которую можно использовать (разрешение лицензии, конечно).
Если вы отключите PID, на котором запущен этот экземпляр JVM, и все, что работает под ним, должно прекратить свое существование. Лучше всего перезапустить Tomcat.