Вам нужен специализированный IP для SSL (если Ваш webhost не обеспечивает SSL с помощью общего сертификата), это - большая вещь.
Проверяли ли вы источник каких-либо из этих файлов?
Это может быть вредоносный код.
Есть ли у вас какой-либо антивирус или программное обеспечение, которое вы используете для проверки на наличие вредоносных программ / Tojans?