Попробуйте это на sphinx conf:
binlog_path = #
Затем перезапустите службу searchd и статус службы searchd.
Попробуйте сначала удалить файлы binlog, а затем запустить searchd
rm -f /var/lib/sphinx/binlog.*
Как было предложено Адальбертом на http://sphinxsearch.com/forum/view.html?id=7445