Существует ли Полуночный Командующий файл истории или журнал?

Необходимо будет защитить веб-сайт, и Linux/Unix делает это очень хорошо, установите минимальные полномочия для группы и других на корневом каталоге веб-сайта:

chmod 0711 /var/virtualhosts/example.com

# ls -ald /var/virtualhosts/example.com
drwx--x--x  4 example    example    4096 Oct  9 08:43 example.com

Ограничьте доступ к файлам в PHP с open_basedir:

# virtual host config
php_admin_value open_basedir "/var/virtualhosts/example.com:/tmp"

# directory config
<Directory /home/bad_user>
    php_admin_value open_basedir "/home/bad_user:/tmp"
</Directory>

Отключите опасные функции от PHP:

# /etc/php.ini
disable_functions = "dl,shell_exec,passthru,exec,
                    popen,system,proc_terminate,proc_close,stream_socket_server"

Используйте su - пользователь для тестирования полномочий, которые они имеют на веб-сайте.

su - apache -s /bin/bash 
cd /var/virtualhosts/example.com
ls -al
cat /var/virtualhosts/example.com/db.config.php