Возможно используйте [P] вместо [R], который проксирует соединение.
Это означает, что апач выбирает документ от имени пользователя.
По умолчанию все папки веб-сайта нужно только "прочитать", если вы не изменили разрешения. Я бы использовал разрешения NTFS для блокировки определенных папок. Я бы не рекомендовал хранить отдельные файлы в разных местах. Я бы заблокировал папку.