Ожидание блокировки таблицы означает, что у вас есть конкуренция за запись в одну или несколько таблиц. MyISAM имеет только блокировки для каждой таблицы и, таким образом, сталкивается с проблемами блокировки гораздо чаще, чем, например, InnoDB. Вы можете оптимизировать свои запросы чтения, чтобы оставить больше времени для записи, но лучше включить InnoDB и преобразовать ваши таблицы в формат InnoDB.
Безусловно, переход на innodb решит проблему конкуренции - у вас не будет столько ожидания таблиц, - но это не поможет вашей системе работать быстрее. В настоящее время похоже, что ваш кеш запросов отключен - есть ли причина, по которой вы его не используете? Это не всегда помогает с производительностью, но может.
У вас должно быть много свободной памяти в этой системе - поможет увеличение буферов сортировки (они также создают намного больше записей на ваш SSD, чем нужно для это).
У вас очень высокий лимит открытых файлов - почему?
Ваша БД в настоящее время очень много работает - я предполагаю, что операций ввода-вывода на диске очень мало. Но вся БД умещается в памяти - поэтому ваши проблемы в основном связаны с медленными запросами - вам нужно начать анализировать журнал медленных запросов и добавлять лучшие индексы.