Это можно сделать, но я бы не советовал этого делать. Если вы используете один и тот же ключ для всего, и этот ключ будет скомпрометирован, вам придется менять его везде - так же, как если бы вы использовали один и тот же пароль для разных служб. Не делайте этого.
Тем не менее, если вы все еще хотите сделать это, это возможно.
Файл .cer содержит как открытый, так и закрытый ключ. SSH хочет иметь отдельные файлы для закрытых и открытых ключей, поэтому первое, что вам нужно сделать, это разделить их. Обычно это делается с помощью openssl:
openssl x509 -inform der -in yourcertfile.cer -noout -pubkey > identity.pub
openssl rsa -inform der -in yourcertfile.cer -out identity