Это не могло бы помочь, но я хотел добавить его в случае, если это делает. Мы столкнулись с этой той же проблемой о Сервере 2008 после использования Windows Printer Migrator от поля Server 2003. Все принтеры на пользовательских портах исчезли бы после сервера или перезапущенного сервиса спулера печати.
Мы открыли запрос в службу поддержки с Microsoft с ним закрытый, несколько месяцев спустя говоря, что они работали над исправлением ошибки для него.
С некоторым дополнительным тестированием мы нашли после восстановления/переустановки ОС по вершине себя и вручную установки принтеров (не использующий инструментов миграции), проблема была устранена.
Проблема решена с использованием документации atlassian. Все подробности здесь https://confluence.atlassian.com/display/JIRAKB/Integrating+JIRA+with+IIS+using+ARR