Выскочка смотрит его каталоги конфигурации с inotify и перезагружает конфигурацию, когда любое изменение файлов или новый файл добавляется. По-видимому, это не работает на символьные ссылки.
Вручную обновить использование конфигурации
$ initctl reload-configuration
Я бы сделал это, используя логический том LVM, поддерживающий репозиторий. В любом случае, вероятно, лучше всего поместить это в отдельную файловую систему, а не в корневую. Для этого выполните следующие действия:
На этом этапе вы можете тривиально сделать снимок всего репозитория, создав снимки логического тома. При желании, вы можете просто настроить прокатку моментальных снимков каждую ночь.
Если вы чувствуете себя особенно смелым, вы можете использовать моментальные снимки на уровне файловой системы с BTRFS или ZFS, но на данный момент они оба менее развиты для Linux. Ссылка: http://www.tldp.org/HOWTO/LVM-HOWTO/