Как настроить параметры настройки системы для mongoDB на Linux?

Думаю, ваш случай с 4 гигабайтами ОЗУ довольно хорошо описан здесь для Neo4j, который также использует ввод-вывод с отображением памяти, и поэтому должны применяться те же меры настройки:

http: // docs. neo4j.org/chunked/stable/linux-performance-guide.html

Итак, прочитав это, я думаю, что ваши

vm.dirty_ratio=5
vm.dirty_background_ratio=5 

скорее слишком низкие, чем высокие.