Если Вы заменили весь сервер от Dell, то это должна быть Ваша RAM - это - единственная переменная, которую Вы не устранили.
Я удивлен, Dell выпустил Вас RMA, не вынуждая Вас изменить RAM во-первых.
Вам следует попробовать guestfs . Он поддерживает формат VMDK и позволяет изменять / загружать / выгружать контент из / в файл VMDK.
What filesystem is on the vmdk if it's ext2/ext3 then add it to a vm (in persistent mode) find the /dev device for it and mount in linux in the normal way (using mount /mountpoint /dev/[device]) make your changes and then mount /mountpoint