Если бы Nginx делал gzip сжатие на входящем соединении клиента, то я предположил бы, что издержки сжатия в Apache только для возвращения ответа на Nginx перевесят или по крайней мере уравновесят любое усиление.
Если вы можете удалить mysql-server и просто удалить ВСЕ БАЗЫ ДАННЫХ, вы можете попробовать это (опять же, убедитесь, что у вас есть рабочая резервная копия всех ваших баз данных):
rm -rf / var / lib / mysql
, а затем переустановите mysql-server.