Используйте sqlplus. SQLPlus FAQ, Документация SQLPlus
У меня такая же проблема.
Фактически, это определенно ошибка в OEM. В моем случае объем пространства в файловой системе, который использовал Oracle, составлял 4,5 ТБ, а свободное пространство - 3,77 ТБ. Что-то определенно было переполнено, но поскольку это был Solaris 11 в файловой системе zfs, я проделал этот простой трюк: я создал отдельный набор данных zfs, установил для него refquota 2 ГБ, смонтировал его в $ {ORACLE_HOME} / hostname
_ $ {ORACLE_SID} / sysman / emd / upload, и вуаля! Он начал видеть правильное свободное пространство и начал загрузку.
Я пока понятия не имею, что мне делать в Linux, где нет готового к производству zfs.