Конфигурация Apache действительно зависит от загружающегося порядка, она анализирует и настроила Виртуальные Хосты, просто необходимо удостовериться, что определение для тех субдоменов всегда загружается перед вместилищем (*.domain.com) конфигурация
Если вы используете nslcd , вы можете иметь несколько записей в nslcd.conf для базы .
man nscld.conf:
base [MAP] DN
Specifies the base distinguished name (DN) to use as search base. This option may be supplied multiple times and all specified bases will
be searched.