У меня никогда не было этой проблемы прежде.
Некоторые основные вопросы:
С небольшим количеством дополнительной информации мы, возможно, способный предложить некоторую справку.
Обновление 1:
Вы попытались отсоединить свою Базу данных 2000 года и повторно прикрепить к SQL 2005/2008 экземпляр и затем повысить уровень базы данных, и затем пробуете свои сценарии?
Я записал утилиту командной строки для сценариев всех объектов MSSQL через SMO.
Было бы интересно знать, удается ли этому написать сценарий всех Ваших объектов. Если сбои инструмента для отдельного объекта, исключение SMO записано в stderr.