innodb_file_per_table включен по умолчанию в MariaDB.
Простой ответ: Нет.
Длинный ответ: Кластеризация - ваш друг. Совершенно очевидно, что сервера, на котором у вас есть веб-сайт, недостаточно для той нагрузки, которую вы на него возлагаете.
Вы не можете расставить приоритеты, но вы можете ограничить внешний запрос и разрешить все внутренние запросы или с какого-то IP, может быть, с limit_req и прокси, но Ликк Натан говорит, что создание кластера - это простой способ.