Если это переменные, которые относятся к каждому пользователю в системе, то они должны быть добавлены в/etc/enviornment - но IIRC этот файл явно не анализируется init сценариями.
Таким образом, необходимо было бы добавить строку в/etc/rc.d/init.d/functions, например.
# -*-Shell-script-*-
#
# functions This file contains functions to be used by most or all
# shell scripts in the /etc/init.d directory.
#
# amended to set env vars
TEXTDOMAIN=initscripts
. /etc/environment
Однако, если Вы только хотите, чтобы они Вар были доступны веб-серверу, затем они должны быть объявлены в/etc/sysconfig/httpd, например.
# Configuration file for the httpd service.
export MYSQL_USER = mydbuser
(мог бы работать без явного экспорта).