Решение, которое Вы хотите (и это должно работать) состоит в том, чтобы работать mysql_install_db
как корень. или dpkg-reconfigure mysql
если Вы - deb/ubu пользователь.
Описание страницы справочника:
mysql_install_db initializes the MySQL data directory and creates the system tables that it contains, if they do not exist.
Вы можете настроить Nagios для ведения журнала в системном журнале, а затем настроить его (например, rsyslog) для отправки событий в OSSIM (в котором включен rsyslog для получения удаленных журналов).