Каким-то образом процесс обновления изменил perms на / на:
[root@host ~]# ls -alZ /
drw-r--r--. 42374 5031 system_u:object_r:root_t:s0 .
drw-r--r--. 42374 5031 system_u:object_r:root_t:s0 ..
Что было исправлено с помощью
chown root:root / && chmod 755 /
Большая помощь в сужении пространства ошибок была запущена
strace perl -e 'use POSIX; POSIX::setuid(99);exec("id")'
Что показало Perl execve () каждый раз терпит неудачу с EACCES, поскольку он пробовал все каталоги $ PATH.