Пользователи ВКЛЮЧЕНЫ ] ваша сеть? Контролируете ли вы серверы / рабочие станции, которые будут использовать пользователи?
Правильный выбор для вашего дистрибутива - его упаковка ( deb для упаковки, apt для распространения). Это позволит вам обернуть некоторую логику установки - разрешения для исполняемых файлов, проверки работоспособности, сценарии инициализации, возможно, даже возможность удаления.