Это почти походит на то, что Вы хотите, инструмент, который получит каждый блок обоих файлов, и затем сделает битовое "ИЛИ" на каждом блоке и отправит вывод в новый файл.
Psuedo-код мог бы быть похожим ниже. Ничего не произошло бы с идентичными битами и битами это, где не идентичный немного будет установлено на 1.
while not end-of-files:
read block file_a
read block file_b
merged_block = file_a bitwise_or file_b
write merged_block to file_c