Не может установить пакет с помощью конфетки

С Apache и mod_php у Вас будет проблема здесь. Другие методы, такие как загрузка php через fcgid или fastcgi дали бы Вам больший контроль над управлением процессами / время выполнения / тайм-ауты / время простоя / и т.д.