Необходимо загрузить Генератор Ключа PuTTY, открыть .ppk в нем и экспорт в формат закрытого ключа OpenSSH в ~/.ssh/id_rsa
или ~/.ssh/id_dsa
в зависимости от формата.
Ответ Xorlev будет, конечно, работать. Принятие закрытого ключа Вашего клиента, тем не менее, нарушает все, о чем PKI. Необходимо отправлять открытый ключ клиенту, который затем поместит это в экземпляр EC2, допуская, что Вы получаете доступ. Закрытые ключи предназначены, чтобы быть сохраненными, ну, в общем, частными.