SSH не работает с моим ключом для пользователя, но работает на другого

Так как Вы уже выполняете апача, почему бы не создать разделенный VirtualHost, самоподписанный сертификат и добавить основного автора к каталогу, где дампы базы данных расположены? Это должно позволить Вам надежно загружать файлы дампа базы данных быстрее. Это, возможно, обходное решение, но это должно выполнить цель. Две полезных ссылки:

http://www.akadia.com/services/ssh_test_certificate.html

http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/auth.html