Проблема может заключаться в том, что вы установили: user как «root», но затем вы используете SSH на сервере как «myusername». Вы правы, установив для use_sudo значение false, но должен быть пользователь, предназначенный для развертываний. Создайте пользователя для развертывания приложения и убедитесь, что /srv/www/myproject.com/htdocs принадлежит этому пользователю. Вы хотите, чтобы ваша пользовательская установка выглядела примерно так:
set :user, "deployer"
set :group, "deployer"
set :password, "sshpassword"
server "deployer@lish-atlanta.linode.com", :app