Rdiff-резервный веб-сайт имеет явный пример восстановления файлов, которые были сохранены с rdiff-резервным-копированием.
Проверьте файл /etc/security/limits.d/90-nproc.conf, так как он может изменить ваши настройки. Я писал об этой точно такой же проблеме в прошлом году http://scott.cm/max-processes-1024-limits-conf/
Вы можете попробовать изменить значение ulimit в начале сценария, запускающего базу данных mongodb.
Дочерний процесс наследует ограничения ресурсов от вызывающего процесса.