Я не эксперт в этом, но разве RAID не восстанавливает?
Это связано с отсутствием некоторых переменных среды. Попробуйте сначала запустить следующее:
$ rvmsudo $SHELL
# source /etc/apache2/envvars
# export HOME=/home/USRNAME
Этот сценарий устанавливает недостающие переменные (соответственно измените USRNAME).
Я вижу, что вы уже решили эту проблему, но для других ... Passenger теперь поставляет предварительно скомпилированные двоичные файлы для последнего дистрибутива ubuntu, поэтому нет необходимости предварительно компилировать с помощью пассажира-install-apache2 -module
при каждом обновлении.
Я следовал этим инструкциям, и у меня это сработало: http://www.modrails.com/documentation/Users%20guide%20Apache.html#install_on_debian_ubuntu