www.test.com не работает, потому что Вы не сделали, чтобы ServerAlias установил для www.test.com
Сначала вы можете проверить журнал slow-query.log на предмет запросов, не использующих индексы.
Во-вторых, не могли бы вы объяснить, сколько ГБ занимает база данных? На мой взгляд, БД довольно большая (по сравнению с 1 ГБ ОЗУ вашей машины с линодом, а сервер базы данных не может обслуживать буферный пул, ему нужно снова и снова обращаться к диску для данных. Попробуйте увеличить настройку пула буферов и проверьте индексы.