С больше, чем небольшим трепетом и после резервного копирования всего, я удалил IIS 6 и переустановил его - конфигурации приблизительно для 30 веб-сайтов на сервере возвратились, но проблема ушла, и ошибки прекратили появляться в журналах. Из того, что Вы говорите и что я нашел, это было определенно что-то потерянное в IIS. Спасибо за закрытие.
Раздел / var
был просто заполнен, поэтому ошибки SQL как это раздел, в котором хранятся данные mysql.
Основная причина заключалась в том, что двоичное ведение журнала было включено, хотя я не использовал его для репликации или чего-то еще, поэтому я отключил это, удалил двоичные журналы, и все вернулось в нормальное состояние!