Количество возможных directories/sub папок ограничено количеством inodes для файловой системы. В ext3, например, это обычно - V/2, где V байты размера тома. Таким образом, нет никакого предела в том, сколько вложенных уровней можно пойти для папок.
Однако максимальное количество подкаталогов в одном каталоге, для ext3, ограничено приблизительно 32 000.
Вы уверены, что mod_auth_token не работает с Apache2? Я скомпилировал модуль с apache2-devel, и также я вижу некоторые apache2-mod_auth_token RPM-пакеты в rpm.pbone.net