Дифференциальное резервное копирование, пропускающее перемещенные папки (испорченная логика архивного атрибута)
Помимо того, что мы обсудили в электронном письме, существует также высказывание
Если Вы не можете beat'em, join'em.
таким образом, Вы могли создать виртуальную машину на своем ноутбуке, который соответствует (основным) пакетам на облачном экземпляре, и затем восстановите свой собственный локальный R 2.12.1 .deb против тех пакетов. Как не обновлено libc6 включен, Вы обошли бы проблему.
Или, в соответствии с Вашим комментарием к возможным разрешаемым побочным эффектам, Вы могли удалить exim4, mysql и крон. Для Ваших заданий R не будут нужны они. Что-то как
sudo dpkg --force-depends --remove ...names of your packages here...
но я не могу действительно полагать, что рекомендую это :) Вам, возможно, понадобится метод проб и ошибок для получения все связанного exim и mysql пакетов.
The archive bit is re-set upon each file system object change. If a directory is being moved within a single NTFS filesystem, neither the directory object itself nor the file objects it contains are being altered. The only objects changing in the process are the source and the destination of the move operations (i.e. the respective parent directories for the moved directory). But then again, Windows does not set the "archive" bit for directories.
This is an old issue and usually addressed in the backup software by comparing file lists with lists from previous backup runs, consulting the NTFS journal or using the objects' creation and modification timestamps in addition to consulting the archive bit. If Cobian is not handling this case properly and the maintainer is not going to fix it, I fear your only remaining option would be to buy the source code and fix it yourself.
If you are able to implement a change in the process of how files are moved, you also could copy & delete the directories in question instead of simply moving them within the same file system - performing the copy operation would set the archive bit on the destination's files.