С такой нагрузкой вряд ли можно винить Apache. Apache - это тот, кто занимается доставкой пиццы, которого обвиняют в медленной доставке, даже если настоящая причина в том, что повар работал очень медленно.
Итак, пора поискать в другом месте. Есть ли в вашей установке WP какие-нибудь экзотические сторонние плагины? Загружает ли он ресурсы из каких-то внешних ресурсов (скажем, есть ли у него возможность лайков / комментариев Facebook или что-то еще)? Используемый вами VPS перегружен другими клиентами? Как насчет сервера базы данных, он находится в вашей установке VPS или где-то еще? Или подключение к сети? Если вы загружаете туда статический контент, например, большой файл .tar.gz, будет ли загрузка быстрой и надежной?
Хотя, если вы действительно хотите настроить Apache, начните с уменьшения значения Timeout до более разумного значения, например 10 или 5 секунд.