Jasig CAS попытается подключиться к серверу LDAP, используя имя пользователя (ну, дно, оно строится на основе имени пользователя) и данные пароля, предоставленные пользователем.
Затем хеширование будет выполнено внутренним сервером LDAP, который также будет сравнивать хэши.
Вкратце: при изменении хеширования пароля не требуется перенастройка CAS.