Ничего себе, это довольно дрянно. Вот то, что я сделал бы...
Я не знаю, существует ли чудодейственное средство, но это - то, как я приблизился бы к нему.
Если ваше приложение требует встроенной аутентификации в BeginRequest и AuthenticateRequest, тогда вам следует изменить свой пул приложений на классический режим.
Если вы не полагаетесь на встроенную аутентификацию на этих двух этапах жизненного цикла страницы, вы можете продолжать игнорировать получаемую вами ошибку, установив для параметра validateIntegratedModeConfiguration значение false.
У вас также есть возможность использовать appcmd migrate , чтобы переместить приложение IIS6 в конфигурацию интегрированного режима IIS7.
Подробнее об этом поведении в IIS 7 можно найти здесь: http://www.iis.net/learn/application-frameworks/building-and-running-aspnet-applications/aspnet-integration-with-iis