Попытайтесь использовать "синхронизирующую" команду прежде, чем размонтировать диск. Возможно, что это не закончило копировать все.
Попробовав себя, я убедился, что перезапуск демона fail2ban не приводит к он перезагружает свой файл конфигурации . (В отличие от большинства других демонов под Linux ... Я даже не знаю, как ему удается сохранить свою конфигурацию при остановке. Временные файлы, я думаю)
Следующая команда решит вашу проблему:
fail2ban-client reload
Этот исполняемый файл может быть использован для опроса статуса и другого взаимодействия с демоном.