Несколько вещей, которые привлекли мое внимание:
85.4%wa
на CPU2 и 'D' на kjournald записи указывают, что что-то ожидает на диске IO для завершения. Изучите, какие процессы ожидают IO для выяснения плана действий (я обычно просто наблюдаю главный вывод некоторое время). Данная информация все кажется вопросу для обсуждения IO. Используйте что-то как iotop для получения большей информации о том, что вызывает его.
То, что вы ищете, это удаленное взаимодействие JMX - это дает возможность взглянуть на размер permgen, а также много другой информации о запущенной Java Например.
Вы, вероятно, захотите использовать аутентификацию и шифрование, но добавление только этого к вашим опциям Java должно помочь вам:
-Dcom.sun.management.jmxremote.port=9000
-Dcom.sun.management.jmxremote.ssl=false
-Dcom.sun.management.jmxremote.authenticate=false
Как вы это будете отслеживать, будет зависеть от вашего программного обеспечения для мониторинга, но для мониторинга вручную используйте jvisualvm
из JDK и настройте удаленный экземпляр.