LDAP+SAMBA входят в проблемы

Просто предположение:

"Сценарии не перестали работать, они просто отстают. Иногда они идут быстрее наугад.. но главным образом просто медленный теперь".

Ваш сценарий тестирования отправляет 2 500 xml запросов к Вашему серверу, времена 4, как Вы описываете (10k запросы). Ваш тест FTP доказал, что пропускная способность не является проблемой (Вы отправили эти 2 500 XML-файлов посредством единственного соединения, передача была сделана в снимке).

Это могло быть, что Ваш сайт требует объема параллельных соединений, который не ожидался/предсказывался Вашим текущим поставщиком? И теперь, возможно, Ваш сайт соглашается с другим популярным сайтом, обслуживаемым на сервере, который находится в той же стойке как Ваш?