проверьте эту страницу, она может объяснить, что попытаться устранить эту проблему.
http://mah.everybody.org/docs/ssh
http://mah.everybody.org/docs/ssh#gen-keys
кажется, что Вам действительно нужен открытый ключ, установленный для Вашей сессии. Я сказал бы да, Вы делаете.
ИЛИ
прокомментируйте строку в файле /etc/ssh/sshd_config
ChallengeResponseAuthentication no
и
перезапуск sshd
сервис.
Это зависит от того, где находится зона. сказал бы, что обе панели могут обрабатывать зону - вопрос в том, на какую из них указывает регистратор. Если регистратор обрабатывает разрешение DNS, тогда .... настройки WHM совершенно бесполезны, потому что эти серверы (DNS-серверы, которыми он управляет) даже не запрашиваются.