Вы попытались добавить хосты /etc/hosts.allow
?
Кроме того, denyhosts имеет свой собственный внутренний кэш, и если Вы редактируете hosts.deny
не останавливаясь denyhosts сначала, это просто перезапишет Ваши изменения после минуты или около этого.
Я не имел никаких проблем с Сервером 2008 на VirtualBox и не имел никаких проблем при получении его текущий с обновлениями также.