Как я должен подготовить виртуальную машину Linux к другим?

Вероятно, лучший инструмент для проверки в этом случае sar. Это должно показать Вам статистику до и включая, когда сервер замерзает. Если Вам не установили его, это - часть sysstat пакет.

Как часто это делает это? Один раз в день, или каждые несколько часов? Это кажется, что могла быть память или диск ввод-вывод, но я не слишком уверен.