Как зарегистрировать и HTTP и Запросы HTTPS в тот же файл

То сообщение об ошибке возвращается из вызова mysql_query или чего-то, что Вы находите в журнале mysqld или где-то в другом месте? Если первый, Вы могли бы использовать 'dtruss' любой на самом процессе (процессах) веб-сервера (который может быть хитрым, чтобы сделать), или на упрощенной версии Вашего кода, выполненного с php-cli. 'dtruss' позволит Вам видеть, какие файлы он пробует и не удается открыться.